几个问题：
1. 服务器很可能只能用Win server，求推荐软件
2. 使用环境是学校内，最多大概同时300个人，对硬件有什么需求?
3. 会遇到什么很容易忽视的问题?

初来乍到，不知道尺度大带宽服务器，见谅
不太理解楼主的意思，是已经有反向代理，需要让大家推荐dns服务器进行dns劫持么？
如果是想让被劫持网站通过反向代理打开，那么可以试试dnsmasq，可以很方便的完成劫持工作，也可以设定某些域名走指定的dns服务器解析，方便cdn返回正确的节点。在我家里可以正常完成劫持，300个人的环境没试过，不过dns本身不是特别消耗资源，应该问题不大吧，就是不知道有没有windows版本。
需要注意的是，dns劫持只能对http有效，https会挂掉，因为这其实是一种形式的man in the middle attack。如果内网所有机器都可管理，可以通过给内网机器安装证书的方式完成https的劫持。具体可以看看 http://mitmproxy.org/

楼主是要把某些网址解析到自己墙外的服务器吗？
win server 的话只要用自带的 dns 服务就可以了，配置比较简单，加几条 A 记录。

同样作为学校网管，提醒楼主被喝茶的风险。